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Betroffen sind nur einige der 25 Arten, darunter vor allem die Breitflügelfledermaus, aber auch Abendsegler, Braunes Langohr, Zwergfledermaus, Teich- und Wasserfledermaus sowie die Fransenfledermaus. Eines der drei Viren, das Bokeloh Bat Lyssavirus (BBLV), wurde erst 2009 bei einer Fransenfledermaus im niedersächsischen Wunstorf-Bokeloh (Region Hannover) entdeckt. Deutliches Nord-Süd-Gefälle Laut dem für Tierkrankheiten zuständigen Friedrich-Löffler-Institut (FLI) wurden in den letzten 30 Jahren deutschlandweit bei gut 200 Tieren Fledermaustollwut festgestellt. Dabei gibt es ein deutliches Nord-Süd-Gefälle. Rund 90 Prozent der Nachweise stammen aus der norddeutschen Tiefebene, also von Schleswig-Holstein und Niedersachen bis Mecklenburg-Vorpommern, Berlin und Brandenburg. Wissenschaftler gehen davon aus, dass bei den isoliert lebenden Fledermäusen ein eigener Tollwutzyklus abläuft, wobei es allerdings noch große Wissenslücken zum Ablauf und der Verbreitung der Erkrankung gibt. Erkrankte Tiere zeigen im späten Stadium der Infektion Verhaltensstörungen.